一般情況下，中藥灌腸主要是對肛門的部位進行操作。具體分析如下：
中藥灌腸屬於一種常見的治療方式，可以治療腸道疾病。中藥灌腸是通過腸道的部位進行操作，把藥物通過肛門的部位灌注，讓藥物保留在直腸或者結腸內，充分的發揮藥物作用，促進身體對藥物的吸收，可以治療腸炎、便秘、陰道炎等病症。但是，要注意避免長時間操作，可能會對腸道的部位造成明顯刺激，容易導致腸道的免疫功能下降，使腸道黏膜受損，出現腸道疾病。
在中藥灌腸以前首先要排便，在灌腸以後最少在一小時之內盡量不要排便，容易導致藥物排泄出去影響治療效果。部分患者在灌腸以後可能會產生腹痛、腹瀉等不良反應，要注意隨時觀察身體的變化，注意肛門局部的衛生。