代可可脂含有大量的反式脂肪酸，而可可脂通常不含反式脂肪酸，因此可可脂通常比代可可脂更健康。
可可脂來自大自然，屬於比較健康的食物，含有多酚、優質脂肪等營養物質，適量食用可可脂可以調節新陳代謝、保護血管，有利於人體健康。而代可可脂是一種人工合成的食物，雖然代可可脂的口感、味道等與可可脂相近，但卻沒有可可脂的營養物質。而且代可可脂含有較多的反式脂肪酸，反式脂肪酸可能對人體健康造成一定危害，誘發心腦血管疾病。因此相較於代可可脂，可可脂通常更加健康。在平時，應盡量避免攝入代可可脂。
如果在進食代可可脂后，身體出現不良反應，患者應及時就醫，接受檢查與治療，以免延誤病情。