吡咯喹啉醌毒副作用可能會引起胃腸道刺激、肝臟損傷、中毒等。用藥治療期間要觀察自身的情況，如果有嚴重不適癥狀要及時治。
1、胃腸道刺激：吡咯喹啉醌服用以後需要被胃腸道吸收和分解，可能會導致胃腸道出現刺激性的反應，比如出現食慾下降、噁心、嘔吐等不適癥狀。
2、肝臟損傷：吡咯喹啉醌用藥以後需要通過肝臟代謝的方式排出體外，可能會導致肝臟細胞損傷，會引起肝臟的排毒功能減弱，不利於體內的有毒物質排出。
3、中毒：吡咯喹啉醌盲目大劑量的服用藥物，可能會引起中毒性的噁心、嘔吐、頭暈、頭痛等不適癥狀。在用藥期間如果有較嚴重的中毒癥狀，則需要及時治療。