內分泌失調，影響卵巢功能，會導致巧克力囊腫出現；輸卵管堵塞，卵子無法排出，堆積在卵巢中，也會引起巧克力囊腫；性生活不當、子宮內膜堆積、患有影響經血排出的婦科疾病等，也會引發巧克力囊腫。
當患有巧克力囊腫時，患者不但會有明顯的痛經、性交疼痛等不適癥狀，還會影響到正常懷孕，甚至出現增生、浸潤、轉移等惡性行為。所以了解這種疾病的病因，在日常生活中做好預防措施，降低疾病的發病率很有必要。那麼，巧克力囊腫怎麼引起的呢？
1、內分泌失調引起
情緒異常、作息不規律、飲食結構不合理、壓力太大、過於勞累等，都可能會導致內分泌失調。卵巢是產生內分泌激素的器官，當出現內分泌失調時，就會影響卵巢的功能，最終導致巧克力囊腫出現。
2、輸卵管堵塞引起
卵巢是孕育卵子的地方，如果輸卵管堵塞，卵子無法排出體外，就會堆積在卵巢，時間長了就可能會導致巧克力囊腫疾病出現。
3、不當性生活引起
性生活要適度才有利身心健康。如果頻繁性生活，也可能會導致巧克力囊腫，尤其是青春期少女或者更年期女性性生活過於頻繁時，患這種疾病的可能性會更大一些。在經期性生活更是會導致內膜異位，出現巧克力囊腫。
4、子宮內膜堆積引起
子宮內膜增厚到一定程度時就開始脫落，此時月經就會來潮。正常情況下這些脫落的子宮內膜碎片會隨著經血一起排出體外，但是也有些患者的脫落的內膜會在卵巢中淤積，導致卵巢內出現太多的內膜碎片，時間長了就會出現巧克力囊腫。
5、婦科疾病引起
如果子宮內膜碎片脫落後引流不暢，就會經輸卵管向盆腔倒流，這樣就可能會誘發巧克力囊腫出現。如果出現了陰道閉塞、子宮后傾、子宮頸口粘連、宮頸口狹小等婦科疾病，都會影響經血的順利流出，經血和子宮內膜碎片在宮腔中殘留，時間長了就可能會誘發巧克力囊腫。