打肝素會產生一定的副作用，容易引起自發性出血、肝腎功能障礙、偶見嚴重的過敏反應等等。
1.自發性出血
肝素有抗凝血作用，當注射肝素時，會明顯降低血液中凝血酶的活性、抑制血小板的粘附聚集，易出現自發性出血現象，如粘膜出血、傷口出現等。對於出血性疾病患者，使用肝素會造成病情加劇，使出血可能性增加。
2.肝腎功能障礙
肝素通過肝腎途徑代謝，易加重病患肝腎功能負擔，影響肝腎組織正常功能。對於肝腎功能不足者、胃腸疾病者、高血壓者要盡量避免使用肝素，以免加重病情。
3.過敏反應
打肝素可能會引起嚴重的過敏情況，出現嘔吐、頭暈等癥狀，對於特殊體質患者，應完善相關檢查后再使用。