通常情況下，抗蛋白酶3抗體陽性說明身體免疫異常，可能是硬皮病、乾燥綜合征、風濕性關節炎等情況造成的，可以通過藥物治療的方式調理。具體分析如下：
1.硬皮病：遺傳、與化學物質接觸、感染等情況都可能誘發該疾病，使得體內免疫系統出現異常，有對稱性皮膚硬化，還可能出現手指變紅、變紫、疼痛等不適癥狀，體內抗蛋白酶3抗體可能增加，可以在醫生的指導下使用三七片、復方丹參片等藥物改善。
2.乾燥綜合征：可能是感染、內分泌失調、異常等情況造成的，可能會出現口乾、眼澀、乏力、發熱等不適癥狀，使體內抗體增多，造成免疫系統異常，從而抗蛋白酶3抗體呈陽性，患者可以遵醫囑使用甲氨蝶呤片、環磷醯胺片等藥物。
3.風濕性關節炎：該疾病可能是寒冷、潮濕等情況引起的，主要癥狀有局部紅腫、疼痛等，也可能出現該情況，可以在醫生的指導下使用青鵬軟膏、雙氯芬酸鈉緩釋片等藥物治療。
除以上相對常見原因外，還有其他的可能性疾病，如結締組織病、特發性肺纖維化、系統性紅斑狼瘡。建議患者及時前往醫院檢查，明確病因后針對性治療。