一般情況下，新冠病毒核酸PCR實驗室工作流程主要分為5步，包括採樣、樣本保存、樣本滅活、樣本檢測、結果分析。具體分析如下：
1.採樣：新冠感染核酸檢測人員對所在社區居民進行採樣，通過咽拭子在居民咽喉處進行擦拭，將帶有細菌、病毒、人體細胞的分泌物樣本，轉移到採樣管中。
2.樣本保存：經過採樣管、專用樣本運送帶、密封樣本轉運箱，層層包裹后，由專業人員送到新冠病毒核酸PCR實驗室。
3.樣本滅活：拆開樣本包裝，對包裝進行逐層消毒，然後對樣本進行登記。將採樣管放入保溫箱中，進行56攝氏度30分鐘進行病毒滅活。經滅活的樣本，傳播活性大大降低，病毒核酸未過度破壞仍可以被檢測。
4.樣本檢測：通過特殊的手段，將病毒核酸抽取出來，加入提前配置好的反應體系中，採用實時熒光PCR技術，可獲得最後樣本檢測結果。
5.結果分析：通過對試驗陰陽性質控、各通道靶基因熒光曲線、對照熒光曲線進行綜合分析，保證每個樣本抽提擴增參數有效后最終確定新冠核酸檢測結果。對於曲線參數不符合要求或結果異常的樣本及時開展複測。