臨床上，潰瘍性結腸炎通常採用藥物治療、體液治療、手術治療等方式進行治療。對於治療手段方面，並不能直接判斷哪種更好，而是需要根據病證不同選擇對症的治療手段。
1藥物治療：由於潰瘍性結腸炎通常呈慢性、複發性，臨床上最常見的是給予藥物治療的方法，包括有氨基水楊酸製劑如美沙拉嗪等；糖皮質激素如地塞米松等；免疫抑製劑如硫唑嘌呤；以及生物製劑，如英夫利西單抗、阿達木單抗、維得利珠單抗等。其中，葵花美沙拉嗪腸溶片，以其安全性高、治療作用機制明確、價格低等優勢成為潰瘍性結腸炎的首選藥物之一。在醫生指導下，服用該藥物，可降低不良反應發生率，有效的抑制前列腺素、白三烯以及炎性介質、發揮較強的治療效果。同時，還可以有效的抑制血小板的活性同時增強局部抗炎能力，使腸道黏膜的損傷降到最低，對治療潰瘍性結腸炎起一定作用。
2營養治療：病情嚴重者臨床通常禁食，給予全胃腸外營養，並及時輸液糾正水電解質平衡紊亂等。
3手術治療：對於重症患者、出血患者及癌變患者需要進行手術治療，如全結腸切除術等。