生殖器皰疹主要是通過性接觸傳染的，所以生殖器皰疹的傳染源就是患者及帶病毒者，尤其是在患者的生殖器皮膚或黏膜的皰疹內含有單純皰疹病毒，可通過性接觸而傳染給配偶或其他性伴，也可在同性戀者中互相傳染。在口腔或口腔周圍患有皰疹的人，可通過口腔-生殖器性交，使對方感染生殖器皰疹。
由於有感染性的病毒能在潮濕的環境中存活數小時，因而單純皰疹也可通過污染物而間接傳播。因此，生殖器皰疹在潛伏中也有傳染性，所以會在不知不覺中成為皰疹的傳播者和受害者。皰疹病毒在潛伏期時存在於脊髓的神經中，生理上並不會有任何癥狀，但是此時病毒已具有傳染性了。而皰疹病毒發作后，會有刺痛、灼熱感、皮膚潰爛等癥狀出現。
不過由於在潛伏期是沒有任何癥狀的，所以這些患者在不知道自己已經感染了皰疹病毒的情況下，經由性接觸時體液的交換將皰疹傳染給別人。對成人來說，生殖器皰疹病毒並不會致命，可是患有皰疹的孕婦卻可能在分娩的過程中把病毒傳染給新生兒，而傷害新生兒的腦部，嚴重的還會奪走嬰兒的生命。