甲型流感病毒能否自愈，不可一概而論。輕型和普通型感染，通常可以自愈，重型感染一般不能自愈。
甲型流感病毒感染的預后與病毒的毒力以及自身的免疫力關係較大，如果是輕型和普通型感染，病情通常不嚴重，只出現輕微的上呼吸道癥狀，沒有明顯的發熱或者呈輕微低熱，咽部略微紅腫，這種情況有自愈的可能。若身體抵抗力和免疫力比較強，本身並沒有基礎性疾病，患有輕型和普通型甲型流感，病情通常能在1~2周左右痊癒，無需特殊治療。
如果發生重型流感，臨床癥狀表現比較明顯，大多數患者都會出現持續高熱不退的現象，甚至還會出現呼吸衰竭或者多器官衰竭，併發細菌性肺炎、休克等。此時病情非常嚴重，如果不及時治療，病情會進一步加重，不僅不能自愈，還會危及患者的生命。重型流感多發生在老年人、有慢性病的人群或者嬰幼兒人群當中，這類人群免疫力差，受到甲型流感病毒感染后，易發展成重症。