皮膚真菌感染時，可以應用抗真菌的藥物外用、內服治療，必要時行拔甲手術輔助治療。
皮膚真菌感染屬於淺表真菌病，通常以外用藥物治療為主。如患處無明顯水泡、潰爛等表現時，直接塗抹酮康唑乳膏、硝酸舍他康唑乳膏、曲安奈德益康唑乳膏等藥物對抗真菌感染即可。如患處有水泡、糜爛等，可先用硼酸溶液、黃蒲潔膚洗劑、利凡諾爾沖洗液等藥物濕敷患處，滲出消退後再用抗真菌軟膏外塗。
如皮膚真菌感染較為嚴重，外用藥物治療效果不理想，可口服伊曲康唑膠囊、氟康唑膠囊、鹽酸特比萘芬片等藥物，雙管齊下，對抗真菌感染，治療效果會更好。
如因真菌感染引起灰指甲，應用藥物治療效果不理想，還可做拔甲手術或病甲清除術，去除病甲后，再應用抗真菌的藥物治療，殺死真菌，可促使健康新甲儘快長出。具體用藥需遵醫囑，不可盲目用藥。