肛瘺的治療，分為非手術治療和手術治療。藥物治療主要控制感染，減輕癥狀，控制發展，但不能徹底治癒，或一時相對治癒，很容易複發。治療肛瘺唯一有效方法是手術療法，手術的治療目的是清除感染的肛門腺，將瘺管內感染的異物清除，這是治療的關鍵。
一、非手術治療：
1.藥物治療：用於治療肛瘺的急性炎症，由於致病菌多為大腸桿菌、變形桿菌，常使用對革蘭氏陰性桿菌的抗生素或廣譜抗生素，如磺胺類藥物、四環素、慶大黴素、卡那黴素等。
2.外洗藥物：高錳酸鉀坐浴，或用中藥祛毒湯熏洗。
3.外用軟膏：急性炎症期，可遵醫囑使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸鈉軟膏、復方多黏菌素B軟膏等藥物消炎。
二、手術治療：
1.切開法：取側卧位或截石位，局部消毒，局麻或骶麻，用探針尋找內口，將管道病變探查清楚，將主管及支管一一切開，搔刮腐爛組織，結紮內口，創面修整平順后凡士林油紗條、紗布、膠布固定，每日用溫水坐浴。瘺管切開術對低位肛瘺而言，因瘺管僅侵犯外括約肌淺層和皮下層，故破壞性小，引流通暢，痊癒后瘢痕組織較小，手術技巧簡單，根治率較高。對高位肛瘺而言，由於術者往往擔心創面引流，故大部分切口較大，大多數都需要切斷外括約肌深層肌纖維，所以術後有很大一部分病人有不同程度的大便和氣體失禁，顯然這種療法不適用於深部的高位肛瘺。
2.切開縫合法：術前常規準備，側卧位，麻醉后，確定內口位置，從外口插入探針經內口穿出，將探針用於勾出肛門外，再沿探針將管道從外口切至內口，切開整個管道，結紮內口兩側感染的肛隱窩，並將管道全部切除。注意切除所有支管，縫合前注意止血，沖洗傷口然後分層縫合，切口近端要開放，便於引流。
3.瘺管切除法：側卧位，常規消毒，麻醉后，判明內口位置，用美蘭再次證實內口部位，以粗探針從外口插入，從內口穿出，於瘺管兩側的皮膚上做切口。將探針彎曲為環，左手握住環形探針兩端用力向外牽拉，將整個瘺管提起，沿切口繼續切入，切面斜向下至瘺管的深層處，兩側切口會合將管道從內口到外口作整塊切除，創面修整呈V形，壓迫止血。本療法的優點是一次將病變組織切除，引流通暢，缺點是破壞性大，傷面大，癒合時間長，且瘢痕大，常導致肛門的畸形。僅適用淺表肛瘺。
三、中醫治療：
本病的治療，當注意攻、補的適宜，治實不忘補虛，補虛則當顧其實。根據本病的特點，應注重內外兼治、整體與局部並重，初起寒熱交作，大便墜痛，宜用輕劑解散。已成內熱，口乾，大便秘結，脈沉實而有力者，當下之。肛門腫痛，常欲便而下墜作痛者，導濕熱兼瀉邪火。肛門腫、疼痛，小便澀滯，小腹急脹者，清肝利小水。出膿腥臭，疼痛不減，身熱者，養血、健脾、更兼滲濕。脾胃虛弱，不能收斂者，滋腎氣、補脾胃。