通常情況下，舌根疼、舌根口底部疼可能是上火、口腔潰瘍、病毒性皰疹造成的。具體分析如下：
1.上火：如果經常吃、辛辣、刺激性食物，並且不注意飲食習慣的調理、飲水比較少、缺乏運動情況下就會造成內熱至盛、陰虛火旺，身體受火熱之邪侵犯臟腑，並隨臟腑氣血循環上傳至舌根就會出現舌根疼痛的癥狀，甚至會伴有小便黃、便秘、舌苔黃的癥狀，所以清淡飲食，多喝溫水是關鍵。
2.口腔潰瘍：是發生在口腔黏膜局部的潰瘍性損傷，局部可表現為潰瘍點並伴有明顯的疼痛感，可能與遺傳、免疫功能異常等因素有關，除此之外還要考慮飲食不良、精神壓力比較大的時候，就容易產生煩躁、緊張、焦慮的負面情緒，在睡眠不佳的情況下，機體免疫功能就會受損，更容易誘發舌根疼，需要多方面改善和治療。
3.病毒性皰疹：主要是帶狀皰疹和單純皰疹，而且具有一定的傳染性，可以發生在口腔的內側，是一種成簇皰疹並且會伴有明顯的疼痛感，可因年齡增長、遺傳易感性、免疫功能缺陷、紫外線照射、月經期、情感應激、局部存在損傷等原因而誘發，建議尋找出病因積極地改善，以免病痛折磨。
除此之外還需要考慮咽炎、扁桃體炎、舌炎等。