解剖學中所指的賁門一般位於管狀的食管向下延伸處，這屬於是囊狀的胃壁處的食管胃交界，基本處在食管的下括約肌下緣，向上和食管處是相接續的。一般會處在第11胸椎體的左側、第7肋的軟骨後方，距腹前壁大概10cm，和中切牙相距大概40cm。據食管的下段賁門區被分成壺腹段、切跡段、賁門口、賁門口周邊。
在人體的內部，食管跟胃的過渡不容易界定。因為胃黏膜的延伸到食管腹部的程度不一樣，一般形成「Z」字形的鱗狀上皮和柱狀上皮結合的位置，在「Z」線上屬於是食管上皮。然後在組織學以及內鏡觀察中，這個位置一般認為是胃-食管連接緣，接下來給大家說說賁門在哪裡。
賁門經常被作為胃和食管的分界。一般食管的腹部會在下行的時候急轉向左，和賁門相延續。食管的右邊跟與胃小彎會相延續，而左緣則和胃大彎連續。通常在解剖方面沒有特定的和賁門相關的括約肌。
賁門區一般分為以下幾個部分。首先是壺腹段：這個屬於是食管的下段梭形（囊狀）擴大的部分。一般在吞咽鋇劑之後會立刻透視或者是照像檢查，在食管的下端以及胃食管的前庭上方會看到因為食管的裂孔收縮而成的暫時性的囊狀擴張，這個狀態被稱為膈壺腹。壺腹段屬於是獨立的功能單位，可以擴張和收縮，膨大像壺腹狀是它的主要形態特徵，它的功能形態改變既不像中上段食管的蠕動，也和切跡段食管的鬆緊不一樣，一般每一段之間會形成明顯的交界。壺腹的大小和形態差異還是存在的，屬於返流性食管炎的好發部位。
切跡段：屬於是胃懸吊纖維肌束導致壓跡的所在段食管，通常處在隔下和隔食管裂孔內，由賁門切跡和切跡段食管構成。賁門口：一般在關閉時是點狀，開放時呈現面狀，一般會表現呈弧形、半圓形、半橢圓形，另外近地壁在吞鋇時好像是瀑布一般。賁門口周邊：屬於是賁門口的周圍粘膜構成的賁門星的區域。