因個人體質差異，沒有「輸卵管結石怎麼治療最好」的說法，患者可採用藥物治療、碎石治療、手術治療的方式進行治療，一般有較好的治療效果，具體分析如下：
1.藥物治療：輸卵管結石體積較小時，通常沒有明顯的臨床癥狀，多數是在進行婦科檢查時才發現，此時應以藥物治療為主，如口服排石葯。在用藥期間要多飲水、勤活動，每天飲水量保證在2000到3000毫升左右，盡量使排尿量達到2000毫升以上。這有助於稀釋尿液，減少尿鹽沉澱，促進結石的排出，還要多跑多跳，使結石移動下降，方便自行排除。
2.碎石治療：部分輸卵管結石需進行碎石治療，常用方法是釹激光，可以通過一根極細的石英玻璃光纖進入腔內抵住結石，在直視狀態下發射激光，將結石擊碎。碎掉的結石顆粒可自行排泄。
3.手術治療：如果輸卵管的結石較大，引起明顯的腹痛、不孕症、輸卵管炎症等情況，需及時進行手術治療，可選擇腹腔鏡手術或宮腔鏡手術，將輸卵管結石取出。