長期吃海藻凍一般有副作用，生活中應避免長期應用，並且海藻凍並不能達到治療疾病的作用，如果自身患有胃腸道疾病，應積極配合醫生進行治療。
海藻凍可以促進胃腸道蠕動，對於大便乾結的人群有很好的改善作用，能夠在一定程度上緩解便秘的情況。但是海藻凍如果生活中長期吃，通常是會有副作用的，可能會對胃腸道部位造成刺激，也有可能會增加胃腸道負擔，可引起胃脹、胃痛等癥狀。如果長時間地吃，還會影響到胃腸道的正常生理功能，隨之引起便秘。由於主要原材料為海藻，其中的碘元素含量比較高，如果長期吃有可能會因碘攝入過多引起甲狀腺功能亢進症。
所以，在食用海藻凍時要注意適量，不要長期大量食用，以免對身體健康造成危害。