非孕期孕酮低時有乳房發育不良、月經不規律等表現，孕期孕酮低時，會有陰道不規則出血、腹痛等先兆流產表現。
當女性體內孕酮偏低時，常會使腦垂體分泌激素的能力降低，對第二性徵的發育有影響，所以青春期孕酮持續偏低的女性胸部發育不良，乳房明顯偏小。
非孕期孕酮低時還會導致內分泌紊亂，常有月經不規律的表現，如月經提前或推遲，經期時間延長，部分女性每次來月經會持續十天左右，但月經量通常無太大改變。月經結束后，陰道內還常有咖啡色的分泌物，並伴下腹部隱痛癥狀。長期月經不規律，還會使女性的皮膚變得萎黃無光。
懷孕后孕酮偏低時，常會導致胚胎著床不穩定，有先兆流產表現，如陰道不規則出血、有褐色分泌物、腹痛等，需及時補充孕酮，否則可能導致流產。