一般情況下，並不存在治療結腸炎最有效地葯的說法，患者應根據個人病情選擇合適自己的藥物，常用的藥物有抗生素藥物、抗病毒藥物、止瀉類藥物。
1.抗生素藥物：結腸炎一部分是細菌感染引起的，常用的抗生素藥物有諾氟沙星膠囊、左氧氟沙星片等，適用于敏感菌所致的尿路感染、淋病、前列腺炎、腸道感染、傷寒等疾病。
2.抗病毒藥物：結腸炎一部分是病毒感染導致的，常用的抗病毒藥物有磷酸奧司他韋顆粒、抗病毒口服液、連花清瘟膠囊等，主要用於病毒性感染而引起的結腸炎，大便為米湯樣或是黃水樣。
3.止瀉類藥物：結腸炎通常還會伴隨腹瀉癥狀，所以還需要配合止瀉藥物來緩解腹瀉，比如說蒙脫石散、顛茄磺苄啶片等。