沒有治療皰疹最好的葯，患者需根據自身病情，嚴格遵醫囑用藥，常用藥物有系統用藥和外用藥物。
1.系統用藥
癥狀嚴重的患者，可在醫生指導下口服注阿昔洛韋、泛西洛韋、萬乃洛韋等抗病毒藥物。早期服用藥物能夠縮短病程，但是不能防止複發。若是頻繁複發的患者可用轉移因子，卡介苗素等增強免疫力的藥物。
2.外用藥物
可在患病部位塗抹3%阿昔洛韋軟膏、1%代馬妥軟膏、0.5%新黴素軟膏、爐甘石洗劑、酞丁胺軟膏等。如滲出較多時，最好選用3%硼酸液或3%醋酸鋁溶液濕敷。發生繼發感染時，使用夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏。外用藥物的治療目的是吸收乾燥、抗病毒、防止繼發感染，患者的用藥需要嚴格遵照醫囑，不能擅自用藥。