目前橫紋肌肉瘤病因不明確。其誘因可能與外傷史，經絡堵塞、遺傳等有關；一般認為染色體異常、基因融合是導致橫紋肌肉瘤常見誘因。
1、外傷
臨床數據顯示，許多眼眶橫紋肌肉瘤曾經有過外傷史，所以與外傷有關。
2、經絡堵塞
過度勞累、受寒、疾病等導致經絡堵塞。此時體內毒素無法排出，大量聚集，從而影響到血液循環，導致局部溫度過高，可激活原癌基因，出現橫紋肌肉瘤。
3、遺傳因素
橫紋肌肉瘤有明顯遺傳傾向，染色體異常、基因融合等為常見誘因，一般橫紋肌肉瘤患者兄弟姐妹、表兄弟姐妹、堂兄弟姐妹為高發人群。