小兒龜頭炎需根據病情嚴重程度採取處理方法。病情輕微時注意患處清潔衛生即可，有明顯癥狀時可外用藥物治療，癥狀嚴重者則需口服藥物治療。
1.注意患處清潔衛生
小兒龜頭炎病情可輕可重，若僅有輕微癥狀，並未出現明顯的紅腫、疼痛等現象，可以不進行特殊治療。但需注意清潔衛生，每日用溫水給孩子清潔龜頭，要將包皮上翻，將裡面的包皮垢清理乾淨，防止感染加重。
2.外用藥物治療
如出現較為明顯的臨床癥狀，龜頭部位有紅腫現象，可以外塗藥物治療。由於小兒龜頭炎多為細菌感染所致，因此要塗抹抗生素的藥膏，如紅霉素軟膏等。可以配合使用刺激性小的洗液，如硼酸溶液。若是由真菌感染引起，癥狀較輕時可外用抗真菌的藥膏，如特比萘芬乳膏等。
3.口服藥物治療
若紅腫非常嚴重，並出現化膿現象，需口服藥物治療，可口服阿奇黴素或頭孢克洛等抗生素類藥物。真菌感染者則需口服抗真菌葯，如伊曲康唑或氟康唑。但由於兒童年齡較小，這些藥物都存在較大的副作用，需嚴格遵醫囑使用。