一般情況下，黃連阿膠丸的功效有養陰、清熱、健脾這些功效。
1.養陰：黃連阿膠丸的成分是阿膠、黃連、茯苓，將這些藥物研成細末，然後用水調阿膠末為丸。阿膠具有補血、滋陰、潤肺、止血的功效。主治血虛諸證、出血證、肺陰虛燥咳，熱病傷陰等。所以有養陰的功效。
2.清熱：黃連是毛茛科黃連屬植物，具有清熱燥濕、瀉火解毒的功效。主治濕熱痞滿、嘔吐吞酸、濕熱瀉痢等癥狀。黃連阿膠丸還主治陰虛暑濕積熱、口燥煩渴、赤白下痢、酒熱傷肝、腸紅膿血、熱毒內蘊、心煩痔漏等癥狀。
3.健脾：茯苓具有利水消腫、滲濕、健脾、寧心的功效。主治水腫、脾虛泄瀉、心悸、失眠等現象。所以由茯苓成分的黃連阿膠丸可以起到健脾的功效。
對於黃連阿膠丸過敏的患者不能服用。患者在服藥時，要在醫生指導下服用，不可自行盲目用藥。