寶寶咳嗽有痰時，可以根據病原體選擇抗生素或抗病毒藥物治療，並聯合止咳化痰藥物治療。
1.抗生素
咳嗽有痰可能是細菌、支原體、衣原體等入侵呼吸系統，誘發支氣管炎、氣管炎、肺炎等疾病引起的，可用阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒、阿奇黴素干混懸劑等抗生素抗菌消炎，對咳嗽有痰的緩解有幫助。
2.抗病毒藥物
因病毒入侵呼吸系統誘發感冒、肺炎等引起咳嗽、咳痰癥狀時，可用四季抗毒口服液、板藍根顆粒、利巴韋林顆粒等藥物清熱解毒，對抗病毒，原發病能得到控制后，咳嗽咳痰癥狀也能緩解。
3.止咳化痰葯
咳嗽痰多癥狀特別嚴重時，可服用小兒氨溴索口服液、小兒咳喘口服液、小兒止咳糖漿等藥物止咳化痰，促使咳嗽咳痰癥狀緩解，因存在個體差異，小兒用藥時需嚴格遵醫囑，家長不能盲目為患兒用藥。