肛瘺是肛腸科的常見病和多發病，因此患者需及時到正規醫療機構肛腸科挂號就診。如果醫院較小，並未設置專門的肛腸科或需做手術治療，也可直接去普外科挂號。
1、肛腸科
若出現肛瘺的問題，通常都需去正規醫療機構肛腸科挂號。肛腸科主要檢查治療肛管及直腸周圍疾病，肛瘺就是肛腸科主要治療的疾病之一。所以一旦患上肛瘺，需及時去肛腸科進行檢查和治療。一般的肛瘺都需做手術治療，術后需適當應用抗生素類藥物來進行消炎和抗感染治療。
2、普外科
肛瘺患者還可去正規醫院的普外科挂號。有些醫院規模較小，沒有設置專門肛腸科，此時可直接去普外科。絕大多數的肛瘺都需做手術治療，而普外科主要針對的就是這些需進行手術治療的疾病，所以肛瘺可掛普外科。