C反應蛋白主要是查體內是否存在炎症，同時鑒別是否受到了細菌感染。臨床中，C反應蛋白檢查常與血常規檢查同時進行，用於呼吸道感染疾病的明確診斷。此外，C反應蛋白也可用於檢查組織損傷以及損傷程度。
C反應蛋白屬於炎症標誌物，當機體出現急性炎症、細菌感染和組織損傷時，血清中的C反應蛋白值就會急劇上升。當患者出現呼吸道感染癥狀以及體溫升高時，可檢查C反應蛋白值，並結合血常規中的白細胞、中性粒細胞計數，進行細菌感染和病毒感染的鑒別與診斷，從而針對性用藥。通常，細菌感染會引起C反應蛋白值明顯增高；而病毒感染時，C反應蛋白可輕度升高或無明顯變化。
此外，C反應蛋白還可以查手術創傷、外傷性組織損傷、放射性損傷的恢復程度，當組織損傷出現好轉或完全恢復，C反應蛋白值會迅速下降或恢復正常。心肌梗塞患者，可通過C反應蛋白查出病情的嚴重程度。